院徽图形为一枚代表着崇本学院印记的印章，是根据“崇本”二字的小篆体设计而成，对崇本二字做了新的诠释。山高且大为“崇”，木下为“本”，一为高大、一为根本，共同寓意着志向高远而又脚踏实地的求知精神。崇本二字下方的波浪线代表着广阔的海洋，体现海洋学科领域特色；崇本二字上方为三颗星星，象征着理想与志向；院徽中的崇本二字又如两个站在海洋领域之上伸手摘星的人，共同诠释着筑基固本、力拓海洋的崇本精神。
院徽的设计宗旨分为两点，首先是对赫崇本先生的瞻仰，担负起先贤使命的继承重任。同时，在继承的基础上还突出对海洋领域不断向上的超越精神，使海洋学科得以实现发展。
